Os estuários possuem um papel essencial no transporte e transformação do carbono de origem continental e atmosférico para o oceano (Sabine et al., 2004), uma vez que aportam solutos que alteram os balanços naturais de íons bicarbonato e geram alcalinidade. A ocupação antrópica que vem ocorrendo nestas áreas leva a um aumento no aporte de nutrientes e matéria orgânica para a zona costeira, devido ao lançamento para os rios e estuários de esgoto sem tratamento (Gaspar 2015). Dessa maneira, a avaliação destes impactos em ambientes estuarinos torna-se importante para a compreensão dos balanços do sistema carbonato nestes locais, podendo oferecer estimativas mais precisas da contribuição de fluxos de CO2 de zonas costeiras. Neste estudo a alcalinidade total é avaliada em dois estuários com diferentes níveis de impactos antrópicos – Barra da Bacia do Rio Capibaribe (BBRC) mais e Barra Orange (BO) menos impactada -  bem como uma caracterização longitudinal em um braço de mar menos impactado. Os resultados obtidos mostraram que a alcalinidade total da BBRC não sofreu variabilidade diante de maiores aportes de água pluvial, variabilidade esta verificada na BO e ao longo de todo o Canal de Santa Cruz (CSS). O efeito de maiores aportes de água pluvial pode estar sendo contrabalanceado pelo aumento de aporte de nutrientes e matéria orgânica a ser oxidada de esgotos sem tratamento nesta área, comprometendo as flutuações naturais de alcalinidade total e a dinâmica ecológica do ambiente.