O filoplano é constituído por uma

superfície plana e paisagem uniforme delimitada

pela cutícula. Neste ambiente ainda são

observadas veias, sulcos, glândulas secretoras

e estômatos. Vários microrganismos podem

colonizar este espaço, sendo as bactérias os

habitantes mais abundantes. Técnicas padrões

em laboratório de microbiologia permitem

identificar 1% ou menos da diversidade

bacteriana na maioria das amostras ambientais.

A criação de bibliotecas metagenômicas veem

oferecer oportunidade para a bioprospecção

de genes de interesse de microrganismos

não-cultiváveis. A metagenômica é um novo

campo de investigação que utiliza ferramentas

da biologia molecular e da bioinformática para

investigar a diversidade microbiana e acessar o

vasto potencial biotecnológico oculto no mundo

microscópico. Várias metodologias de extração

e preparo de bibliotecas metagenômicas já

foram descritas como o microbioma de solo,

águas oceânicas, órgãos humanos, cavernas,

etc. Neste capítulo descrevemos uma extração

de biblioteca metagenômica diretamente do

filoplano de Theobroma cacao, como também

todo procedimento laboratorial de preparo

da biblioteca acompanhada de ilustrações

dos cálculos para facilitar a replicação dos

procedimentos