MÉTODO DE EXTRAÇÃO DE RNA DE ALTA PUREZA A PARTIR DE FOLHAS DA ESPÉCIE Stylosanthes capitata (Vogel)
As espécies de Stylosanthes spp. apresentam elevados níveis de polissacarídeos em suas folhas que podem potencialmente interferir e dificultar a extração de ácidos nucleicos de boa qualidade, em especial para o isolamento de RNA. Neste contexto, o objetivo desta pesquisa foi comparar dois protocolos de isolamento de RNA (Trizol+acetato de sódio [TA] e Trizol+sarcosil+acetato de sódio [TSA]) a partir de tecidos foliares da espécie Stylosanthes capitata Vogel coletados em um experimento de campo sobre simulação de mudanças climáticas futuras (Trop-T-Face:Temperature Free Air Controlled Enhancement and Free Air Carbon Dioxide Enrichment da USP/RP). No protocolo TA foi adicionado acetato de sódio 3M na fase de purificação de RNA, desde que este sal participa na precipitação dos ácidos nucleicos junto com o Etanol. No protocolo TSA, foi adicionado o detergente sarcosil na solução de extração o qual auxilia na solubilização de proteínas, além da adição do acetato de sódio como previamente relatado. Como resultados foram observadas diferenças altamente significativas (p<0,01) para ambas as metodologias de extração em todos os parâmetros estudados. A concentração média de RNA (ng/uL) foi 6,3 vezes superior em TSA (TSA=911,25 vs. TA=145,35). As razões de pureza ao redor de 2,0 e entre 2,0-2,2 para os parâmetros 260/280 e 260/230, respectivamente, foram observados em 96% das amostras do protocolo TSA. Os resultados de integridade do RNA (RIN), o qual é classificado como 1 = RNA degradado a 10 = RNA intacto, confirmam que o protocolo TSA alcançou os melhores resultados devido à melhor qualidade e integridade das amostras (média de 3,87/TA e 7,25/TSA). Estes parâmetros indicam que para extração do RNA de folhas da espécie S. capitata, o método TSA é o mais indicado, com 84% de eficiência, em comparação ao método TA, que alcançou 25%.
MÉTODO DE EXTRAÇÃO DE RNA DE ALTA PUREZA A PARTIR DE FOLHAS DA ESPÉCIE Stylosanthes capitata (Vogel)
-
DOI: 10.22533/at.ed.1652119038
-
Palavras-chave: RNA; Método de extração; Stylosanthes
-
Keywords: RNA; Extraction methods; Stylosanthes
-
Abstract:
Stylosanthes spp. species have high levels of polysaccharides in their leaves that can potentially interfere and make it difficult to extract good quality nucleic acids, especially for the isolation of RNA. In this context, the objective of this research was to compare two RNA isolation protocols (Trizol+sodium acetate [TA] and Trizol+sarcosyl+sodium acetate [TSA]) from leaf tissues of the species Stylosanthes capitata Vogel collected in a field experiment on simulation of future climate changes (Trop-T-Face: Temperature Free Air Controlled Enhancement and Free Air Carbon Dioxide Enrichment from USP/RP). In the TA protocol 3M sodium acetate was added in the RNA purification phase, since this salt participates in the precipitation of nucleic acids together with Ethanol. In the TSA protocol, sarcosil detergent was added in the extraction solution which helps in protein solubilization, besides the addition of sodium acetate as previously reported. As results, highly significant differences (p<0.01) were observed for both extraction methodologies in all parameters studied. The mean RNA concentration (ng/uL) was 6.3 times higher in TSA (TSA=911.25 vs. TA=145.35). Purity ratios around 2.0 and between 2.0-2.2 for parameters 260/280 and 260/230 respectively, were observed in 96% of samples of the TSA protocol. The results of RNA integrity (RIN), which is classified as 1 = RNA degraded to 10 = RNA intact, confirm that the TSA protocol achieved the best results due to the better quality and integrity of the samples (average of 3.87/TA and 7.25/TSA). These parameters indicate that for extraction of RNA from leaves of the S. capitata species, the TSA method is the most indicated, with 84% efficiency, compared to the TA method, which reached 25%.
-
Número de páginas: 15
- Priscila Marlys Sá Rivas
- Tathyana Rachel Palo Mello
- Carlos Alberto Martinez
- Ana Lilia Alzate-Marin
- Fernando Bonifácio-Anacleto
