O Sistema Lagunar de Jacarepaguá é a área costeira mais vulnerável do Brasil, devido à alta densidade populacional e atividades econômicas relevantes. As mudanças climáticas intensificam o risco de inundações, com aumento do nível do mar, chuvas fortes e marés meteorológicas. Neste estudo foram analisados diferentes cenários combinando variações de batimetria (atual e após dragagem), marés astronômicas e meteorológicas e vazões fluviais. Os resultados indicam que a maré meteorológica tem o maior impacto nas cotas máximas d’água, superando os demais fatores. A dragagem proposta melhora a renovação hídrica por meio do aumento do prisma de maré, contribuindo para a qualidade da água. Os cenários de mudanças climáticas tornarão o Sistema mais vulnerável a inundações, ao mesmo tempo em que potencialmente melhorarão a qualidade da água do sistema.