Las bacterias habitantes de la rizosfera son reconocidas en diversas actividades como promotoras del crecimiento vegetal, participación en los ciclos biogeoquímicos, mejora en la salud de la planta, participan en la resistencia a fitopatógenos y calidad estructural del suelo. Se identificaron fenotípica y molecularmente tres aislamientos de bacterias del suelo de la rizósfera. Las pruebas bioquímicas se basaron en reacciones bioquímicas y siembras en medios diferenciales, las pruebas moleculares emplearon la técnica de PCR, utilizando el gen ribosomal 16S. Los oligonucleótidos utilizados para Azotobacter chroococcum fueron Y1/Y3, para Bacillus megaterium 27F/1492R y para Bacillus subtilis FD1/RD1. Los productos de PCR fueron visualizados en un gel de agarosa al 1%, secuenciados, editados y comparados en la base de datos del NCBI. Por otra parte, los árboles filogenéticos fueron creados con los programas bioinformáticos BioEdit y Past. En la caracterización bioquímica las pruebas realizadas correspondieron a las especies de las bacterias identificadas. La comparación de las secuencias obtenidas mediante BLAST presentaron 99% de identidad para A. chroococcum, B. subtilis 88%   y B.megaterium 99%. Los árboles filogenéticos diseñados con el criterio de máxima probabilidad, indicó un grupo bien definido para cada especie identificada.