La necesidad de resaltar la importancia y el funcionamiento de los procesos culturales que se llevan a cabo en las comunidades y la relación que existe entre la naturaleza y la cultura, ha sido tenida en cuenta por investigadores de varias disciplinas, evidenciando vacíos desde lo epistemológico, dónde no se fundamenta la relación de ciencias endógenas y ciencias occidentales. Con este estudio se pretendió identificar una línea base sobre el estado actual de modelos teóricos establecidos para desarrollar investigaciones etnoecológicas en el territorio colombiano.  Por medio de un enfoque cualitativo hermenéutico se hizo una revisión de documentos etnoecológicos publicados en revistas indexadas, seleccionadas a través de una revisión sistemática con el objetivo de comprender la relación entre los modelos etnoecológicos y los modelos científicos en el desarrollo de dichos proyectos. El estudio da cuenta que existe un intercambio de aprendizaje entre las ciencias occidentales y las ciencias endógenas por medio de métodos, herramientas e instrumentos para la obtención de resultados intercientíficos y con ello se evidencia que el diálogo entre diferentes formas de conocimiento científico, conocimiento ancestral y tradicional se debe ampliar de manera recíproca con el fin de fortalecer las relaciones entre la vida social, natural, material y espiritual, lo que permite aportes importantes para el surgimiento de nuevos paradigmas del desarrollo.