ESTUDO DAS INTERAÇÕES DA PROTEÍNA NS5A DO VÍRUS DA HEPATITE C COM PROTEÍNAS DO HOSPEDEIRO HUMANO: ANÁLISE BASEADA EM REDE DE INTERAÇÃO
Estima-se que a infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) acometa 58 milhões de pessoas em todo o mundo. Cerca de 80% dos infectados evolui para infecção crônica. Após a cronificação é observada uma progressão natural da doença caracterizada por um quadro de inflamação persistente, que gera fibrose tecidual, podendo evoluir para cirrose hepática e carcinoma hepatocelular (CHC). A proteína não estrutural NS5A do HCV é uma fosfoproteína com grande importância para a replicação, propagação e patogênese viral. O objetivo deste trabalho é realizar um estudo baseado em análise de rede das interações da proteína NS5A do HCV com proteínas humanas para melhor compreender o seu papel no desenvolvimento do CHC. Inicialmente foi realizado um levantamento bibliográfico das proteínas humanas que interagem com NS5A. Interações proteína-proteína (PPIs) da lista de proteínas obtidas pelo levantamento foram coletadas através da plataforma STRING, e, também, os dados de estatística de rede e enriquecimento funcional para vias da base de dados KEGG. Foi construída uma rede de interação de NS5A contendo interações entre proteínas virais e humanas e realizado uma análise topológica de rede através do programa Cytoscape 3.8.2. Foram encontradas 221 proteínas que interagem com NS5A. Com a análise topológica foram encontrados 22 gargalos para rede de interação de NS5A, sendo 16 já previamente descritos e 6 novos. Com a análise funcional, 104 vias de 21 diferentes categorias do KEGG foram enriquecidas para a rede de PPIs humanas. Foram encontrados vários gargalos da rede de interação de NS5A em vias de categorias do KEGG relacionadas ao câncer. A proteína GRB2 parece ser um gargalo proeminente de ser regulado por NS5A para o desenvolvimento do CHC.
ESTUDO DAS INTERAÇÕES DA PROTEÍNA NS5A DO VÍRUS DA HEPATITE C COM PROTEÍNAS DO HOSPEDEIRO HUMANO: ANÁLISE BASEADA EM REDE DE INTERAÇÃO
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DOI: 10.22533/at.ed.1382327075
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Palavras-chave: HCV, NS5A, rede de interação, análise funcional de rede, carcinoma hepatocelular.
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Keywords: HCV, NS5A, interaction network, functional network analysis, hepatocellular carcinoma.
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Abstract:
It is estimated that hepatitis C virus (HCV) infection affects 58 million people worldwide. About 80% of those infected progress to chronic infection. After chronification, it is observed a natural progression of the disease characterized by a persistent inflammation, which generates tissue fibrosis that can progress to liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma (HCC). The non-structural protein NS5A is a phosphoprotein that has great importance for the replication, propagation and pathogenesis of HCV. Several interactions of NS5A protein with human proteins have been described. The objective of this work is to carry out a study based on network analysis of the interactions of the HCV NS5A protein with human proteins to better understand its role in the development of HCC. Initially, a literature survey of human proteins that interact with NS5A was conducted. Protein-protein interactions (PPIs) of the list of proteins generated by the survey were collected through the STRING platform, as well as network statistics and functional enrichment data for KEGG pathways. An NS5A interaction network containing interactions between viral and human proteins was constructed and a network topological analysis was performed with Cytoscape 3.8.2 software. A total of 221 proteins that interact with NS5A were found. With the topological analysis, 22 bottlenecks were found for the NS5A interaction network, 16 of which were previously described and 6 were new. With the functional analysis, 104 KEGG pathways from 21 KEGG categories were enriched for the human PPI network. Several bottlenecks of the NS5A interaction network in the KEGG pathways present in cancer related categories were found. The GRB2 protein appears to be a prominent bottleneck that can be regulated by NS5A for the development of hepatocarcinoma.
- Manuel Bezerra de Menêses Neto
- Luísa Hoffmann
- Roberta Kuan Tchuen de Mello Loh
- Juliene Antonio Ramos
