CARACTERIZAÇÃO FILOGENÉTICA DA FAMÍLIA MULTIGÊNICA DA H+ -ATPASE DE MEMBRANA PLASMÁTICA EM MONOCOTILEDÔNEAS DA ORDEM POALES.
As H+-ATPases são proteínas
integrais da membrana plasmática que têm a
capacidade de utilizar a energia química da
hidrólise de ATP para expulsar os prótons
para o ambiente extracelular, atuando na
manutenção da homeostase iônica e transporte
de solutos. O presente trabalho objetivou
identificar, caracterizar e analisar a distribuição
filogenética da família multigênica H+-ATPase
de membrana plasmática em monocotiledôneas
da ordem Poales. Para este fim, os membros
gênicos foram identificados e anotados em
espécies da ordem Poales através de buscas
em bancos de genomas disponíveis no NCBI
e Phytozome, utilizando a ferramenta BLAST.
As sequências foram alinhadas pelo algoritmo
MUSCLE e agrupadas pelo método Neighbor
joining, a partir de 1000 replicatas, através do
programa MEGA 7.0. Os resultados revelaram
que as sequências continham entre 2 e 21 éxons
formando janelas de leitura aberta (ORFs)
apresentando entre 2.571 a 3.327 pb e proteínas
contendo entre 857 a 976 aminoácidos. A análise
filogenética agrupou as sequências em quatro
clados distintos identificados como clado I-IV. O
clado I, por apresentar apenas uma sequência
representativa de cada espécie foi nomeada de
Introduction to Bioinformatics Capítulo 4 33
H+-ATPase1. Os clados II, III e IV foram nomeadas de H+-ATPase2 (2a, 2a1ou 2a2, 2b
ou 2b1ou 2b2 e 2c), H+-ATPase3 (3a ou 3a1 ou 3a2 , 3b, ou 3b1ou 3b2,ou 3c) e H+-
ATPase4 (4a ou 4a1ou 4a2 ou 4b) respectivamente, por apresentarem duas ou mais
sequências da mesma espécie. Esses resultados fornecem suporte para estudos que
visem identificar a função específica de cada membro gênico entre espécies.
CARACTERIZAÇÃO FILOGENÉTICA DA FAMÍLIA MULTIGÊNICA DA H+ -ATPASE DE MEMBRANA PLASMÁTICA EM MONOCOTILEDÔNEAS DA ORDEM POALES.
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DOI: 10.22533/at.ed.1381912024
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Palavras-chave: Anotação gênica, caracterização gênica, distribuição filogenética.
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Keywords: Gene annotation, gene characterization, phylogenetic distribution
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Abstract:
The H+-ATPases are integral proteins of the plasma membrane that have
the capacity to use the chemical energy of the hydrolysis of ATP to expel the protons
to the extracellular environment, acting in the maintenance of ionic homeostasis and
transport of solutes. The present work aimed to identify, characterize and analyze the
phylogenetic distribution of the multigenic H+-ATPase family of plasma membrane in
monocotyledons of the order Poales. For this purpose, gene members were identified
and annotated in species of the order Poales through searches in genomes database
available in the NCBI and Phytozome, using the tool BLAST. The sequences were
aligned by the MUSCLE algorithm and grouped by the Neighbor joining method,
from 1000 replicates, through the MEGA 7.0 program. The results revealed that the
sequences contained between 2 and 21 exons forming open reading frames (ORFs)
ranging from 2.571 to 3.327 bp and proteins containing between 857 and 976 amino
acids. Phylogenetic analysis grouped the sequences into four distinct clades identified
as clade I-IV. Clade I, because it presented only one representative sequence of each
species, was named H+-ATPase 1. Clades II, III and IV were named as H+-ATPase2
(2a, 2a1ou 2a2, 2b ou 2b1ou 2b2 e 2c), H+-ATPase3 (3a ou 3a1 ou 3a2 , 3b, ou 3b1ou
3b2,ou 3c) e H+-ATPase4 (4a ou 4a1ou 4a2 ou 4b), respectively, as they present two or
more sequences of the same species. These results provide support for studies aimed
at identifying the specific function of each gene member between species.
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Número de páginas: 15
- Clesivan Pereira dos Santos
- Thais Andrade Germano
- Moaciria de Souza Lemos
- Stelamaris de Oliveira Paula
- Rafael de Souza Miranda
- José Hélio Costa
- Lyndefania Melo de Sousa
