CajaDB: UMA PLATAFORMA PARA DADOS MOLECULARES DE SAGUI COMUM (Callithrix jacchus)
O sagui comum (Callithrix jacchus), um pequeno macaco do Novo Mundo, é um modelo valioso em diferentes áreas de investigação e recentemente foi proposto para o estudo de doenças neurológicas/neuropsiquiátricas e cognição. Uma das fronteiras no campo da neurociência requer o manuseio de conjuntos de dados em grande escala para conectar caminhos moleculares ao comportamento do sistema nervoso. Portanto, para tornar os dados das -ômicas desta espécie mais acessíveis à comunidade científica sem uma sólida formação em bioinformática, criamos o CajaDB, uma base de dados moleculares que fornece uma interface amigável para dados genômicos, de expressão e de splicing alternativo, incluindo ferramentas para análises biológicas. Uma vez que a lateralização hemisférica é um aspecto crucial da arquitetura funcional do cérebro para habilidades cognitivas, analisamos os genes expressos nos dois hemisférios de saguis para ilustrar do CajaDB. Foram encontrados 24 genes com viés no hemisfério esquerdo e 25 genes com viés no hemisfério direito. O CajaDB está disponível em cajadb.neuro.ufrn.br.
CajaDB: UMA PLATAFORMA PARA DADOS MOLECULARES DE SAGUI COMUM (Callithrix jacchus)
-
Palavras-chave: Transcriptômica, banco de dados moleculares, modelo de primata neuropsiquiátrico, lateralidade, assimetria cerebral
-
Keywords: Transcriptomics, molecular database, neuropsychiatric primate model, laterality, brain asymmetry
-
Abstract:
Common marmoset (Callithrix jacchus), a small New World monkey, is a valuable model in different areas of investigation and recently it has been proposed for the study of neurological/neuropsychiatric diseases and cognition. One of the frontiers in neuroscience field requires handling omics large-scale data sets for connecting molecular pathways to nervous system behavior. Hence, to make the omics datasets for this species more accessible for the scientific community without a solid bioinformatics background, we have created CajaDB, a molecular database that provides a friendly interface for genomic, expression and alternative splicing data, including tools for biological analyses. Once lateralization is a crucial aspect of the functional brain architecture for cognitive abilities, we analyzed genes expressed in the marmosets' hemispheres to illustrate the use of CajaDB. We found 24 genes with left hemisphere bias and 25 genes with right hemisphere bias. CajaDB is available at cajadb.neuro.ufrn.br
-
Número de páginas: 14
- Danilo Oliveira Imparato
- Sandro José de Souza
- Maria Bernardete Cordeiro de Sousa
- Viviane Brito Nogueira
