A remoção máxima do material obturador do sistema de canais radiculares é fundamental para que o sucesso da reintervenção endodôntica seja alcançada. O objetivo deste trabalho foi comparar a eficácia da remoção de material obturador dos canais radiculares entre o sistema ProTaper Universal Retratamento (PUR) associado a lima ProTaper Universal (PTU) F4, e a lima R40 do sistema Reciproc, com e sem o uso do microscópio operatório (MO) como meio auxiliar. Sessenta pré-molares inferiores com canal único e raízes retas foram instrumentados, obturados e divididos aleatoriamente por sorteio em quatro grupos experimentais (n=15), de acordo com a técnica de desobturação a ser realizada: PUR seguido da utilização da lima PTU F4, Reciproc R40, PUR seguido da utilização da lima PTU F4 e auxílio do MO, Reciproc R40 com auxílio do MO. Após a desobturação, os dentes foram seccionados longitudinalmente, fotografados e analisados quantificando o percentual de material obturador residual em cada terço do canal. A sequência de testes estatísticos utilizada foi: aplicação do Teste de Kruskal-Wallis, com nível de significância p<0.05, seguido da aplicação do Teste de Mann-Whitney, ajustado pela Correção de Bonferroni. Os resultados demonstraram que os grupos apresentaram-se como estatisticamente semelhantes, para as variáveis ‘todo canal’, ‘terço cervical e terço médio’ (P > 0.05). Para a variável ‘terço apical’, o grupo ‘PUR + F4 com auxílio do microscópio’ mostrou-se significantemente melhor que o grupo ‘Reciproc com auxílio do microscópio’ (P = 0,02). Concluiu-se que os sistemas PUR + F4, e a lima R40 do sistema Reciproc foram efetivamente semelhantes na capacidade de remoção do material obturador do sistema de canais radiculares, independente do uso ou não do MO, diferindo apenas no terço apical, quando associados ao uso do MO, no qual o sistema PUR + F4 foi mais eficaz.