AVALIAÇÃO COMPUTACIONAL DE INTERAÇÕES ENTRE AS PROTEÍNAS M E M2-1 DO VÍRUS SINCICIAL RESPIRATÓRIO HUMANO (hRSV) E RIBAVIRINA.
A abordagem computacional
utilizada neste trabalho envolve simulações de
docking e dinâmica molecular para caracterizar
interações entre as proteínas M e M2-1 do
hRSV. Essas proteínas estão relacionadas
diretamente com o processo de infecção do
vírus sincicial respiratório humano (no inglês
human respiratory syncytial virus, hRSV), agente
causador de infecções do trato respiratório em
cerca de 12 milhões de pessoas a cada ano
em diversos países, atacando principalmente
crianças e idosos. Foram avaliadas interações
envolvendo o composto Ribavirina e a proteína
M, num processo de busca que partiu da análise
das 1500 orientações possíveis para cada
uma das 500 conformações geradas (um total
de 750.000 estruturas avaliadas) por meio do
software UCSF Dock, usando para tal o critério
de mais baixa energia. Após a seleção do mais
provavel candidato, simulações de dinâmica
molecular foram realizadas, sugerindo que este
composto interage com a interface do dímero da
proteína M e que o mesmo permanece estável
nesta região, possibilitando a desestabilização
da forma dimerica e, com isso, interferindo na
ação desta proteína. Por fim, as interações
para o complexo M/M2-1 em suas formas
monoméricas foram avaliadas, onde gerouse
2000 complexos com o programa zDock,
dentre os quais foi selecionado o arranjo de
menor energia. Esses resultados sugerem que
a presença da molécula de Ribavirina influencia
na interação entre as proteínas M e M2-1,
podendo desestabilizar este complexo, crucial
durante o ciclo de infecção por hRSV, sugerindo
assim seu emprego em possíveis tratamentos
com o objetivo de inibir ou prevenir a infecção
viral.
AVALIAÇÃO COMPUTACIONAL DE INTERAÇÕES ENTRE AS PROTEÍNAS M E M2-1 DO VÍRUS SINCICIAL RESPIRATÓRIO HUMANO (hRSV) E RIBAVIRINA.
-
DOI: 10.22533/at.ed.7571911072
-
Palavras-chave: Docking e Dinâmica molecular, hRSV, Proteínas M e M2-1, Ribavirina.
-
Keywords: Molecular Docking and Dynamics, hRSV, M and M2-1 Proteins, Ribavirin
-
Abstract:
The computational approach
used in this work involves docking and
molecular dynamics simulations to characterize
interactions between M and M2-1 proteins of
hRSV. These proteins are directly related to the process of infection by human respiratory syncytial virus (hRSV), a causative agent of
respiratory tract infections in about 12 million people each year in several countries,
mainly targeting children and the elderly. It was evaluated the interactions involving
the compound Ribavirin and the M protein, in a search process that started from the
analysis of the 1500 possible orientations for each of the 500 generated conformations
(a total of 750,000 structures evaluated) through the software UCSF Dock, using the
criterion of lower energy. Following the selection of the most likely candidate, molecular
dynamics simulations were performed, suggesting that this compound interacts with
the M protein dimer interface and that it remains stable in this region, allowing the
destabilization of the dimeric form and, thus, interfering in the action of this protein.
Finally, the interactions for the M/M2-1 complex in its monomeric forms were evaluated,
where 2000 complexes were generated with the zDock program, among which the
least energy arrangement was selected. These results suggest that the presence of
the Ribavirin molecule influences the interaction between the M and M2-1 proteins,
which may destabilize this complex, crucial during the cycle of infection by hRSV, thus
suggesting its use in possible treatments with the aim of inhibiting or preventing the
viral infection.
-
Número de páginas: 15
- Leandro Cristante de Oliveira
- Ernesto Tavares Neto
