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ANOTAÇÃO FUNCIONAL DE SEQUÊNCIAS GENÔMICAS DE POLIHIDROXIALCANOATO EM PRIESTIA MEGATERIUM ISOLADA DE SOLO

Os plásticos convencionais derivados do petróleo causam sérios problemas ambientais, devido principalmente à poluição e à degradação lenta. Alternativas sustentáveis, como os polihidroxialcanoatos (PHAs), que são produzidos por microrganismos como Priestia megaterium (anteriormente conhecido como Bacillus megaterium), são vistos como substitutos promissores desses materiais pelas suas capacidades de biodegradabilidade e biocompatibilidade. A genômica e a bioinformática adentram esse cenário desempenhando um papel essencial na identificação de genes e proteínas de PHAs no genoma da bactéria Priestia megaterium cepa E1, isolada a partir de amostras de solo. As sequências genômicas da bactéria em questão foram anotadas pelas ferramentas de anotação funcional Prokka e eggNOG-mapper e aquelas sequências com anotação de PHA foram submetidas a alinhamentos locais em bancos de dados secundários Swiss-Prot e Reference Sequence Protein. As correspondências das anotações feitas nessas diferentes ferramentas foram observadas através do Diagrama de Venn. Em seguida, foi realizada uma modelagem 3D das proteínas PhaC sintases pelas ferramentas Phyre 2 e Swiss Model. Com isso, foram anotadas 25 sequências de PHA, distribuídas entre diferentes proteínas como PhaA, PhaB e PhaI, entre outras. As modelagens 3D obtiveram resultados que se assemelham aos estudos já realizados, o que mostrou mais confiabilidade ao processo de anotação e corroborou com evidências científicas na espécie como produtora de PHA.
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ANOTAÇÃO FUNCIONAL DE SEQUÊNCIAS GENÔMICAS DE POLIHIDROXIALCANOATO EM PRIESTIA MEGATERIUM ISOLADA DE SOLO

  • DOI: https://doi.org/10.22533/at.ed.25724100712

  • Palavras-chave: PHA; genômica; enzimas.

  • Keywords: PHA; genomics; enzymes.

  • Abstract: Conventional plastics derived from petroleum cause serious environmental problems, mainly due to pollution and slow degradation. Sustainable alternatives, such as polyhydroxyalkanoates (PHAs), which are produced by microorganisms such as Priestia megaterium (formerly known as Bacillus megaterium), are seen as promising substitutes for these materials due to their biodegradability and biocompatibility capabilities. Genomics and bioinformatics enter this scenario, playing an essential role in identifying PHA genes and proteins in the genome of the bacterium Priestia megaterium strain E1, isolated from soil samples, for biotechnological application to the bacterium. The genomic sequences of the bacterium in question were annotated by the functional annotation tools Prokka and eggNOG-mapper and those sequences with PHA annotation were subjected to local alignments in databases. Swiss- Prot and Reference Sequence Protein. The correspondences of the notes made in these different tools were observed using the Venn Diagram. Next, 3D modeling of the PhaC synthase proteins was carried out using the Phyre 2 and Swiss Model tools. As a result, 25 PHA sequences were noted, distributed among different proteins such as PhaA, PhaB and PhaI, among others. The 3D modeling obtained results that are similar to studies already carried out, which showed more reliability to the annotation process and corroborated scientific evidence on the species as a producer of

  • RYAN FERNANDES VIEIRA DE SOUZA
  • Kauanny Wictoria Plenz
  • Mateus Marques Souza
  • Wellinton Jhon Cupozak Pinheiro
  • Maricy Raquel LIndenbah Bonfá
  • Rodrigo Matheus Pereira
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