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ANOTAÇÃO DE SEQUÊNCIAS GÊNICAS DE ARROZ (Oryza sativa L.) IDENTIFICADOS NO GENOMA DA ESPÉCIE PELO BANCO DE DADOS GENÔMICOS Phytozome

O arroz (Oryza sativa L.) é o segundo cereal mais cultivado no mundo, sendo base alimentar de aproximadamente 3 bilhões de pessoas, contudo, nos próximos anos, à redução da área arável e de fatores bióticos e abióticos afetaram a produção da cultura. Uma das alternativas para manter a estabilidade produtiva da cultura é a identificação de genes relacionados à caracteres de interesse de melhoramento para o arroz. Essa identificação é feita utilizando ferramentas biotecnológicas, como os marcadores moleculares SNPs (Single Nucleotides Polymorphisms), que são definidos como marcadores de DNA que possibilita a identificação de genes interesse para a agricultura. Diante disso, o objetivo do trabalho foi identificar genes de interesse em oito marcadores SNPs identificados como polimórficos para a cultura de arroz através de análises in silico, utilizando o banco de dados genômicos Phytozome. Esses genes foram descritos com base na sua função, além de serem identificados a sequência genômica, sequência CDS (Coding DNA Sequence), sequência do peptídeo e sequência do transcrito. Como resultados, foi possível identificar seis SNPs dentro de genes, localizados em seis cromossomos distintos. Diversas funções foram identificadas nos genes, como proteínas hipotéticas, proteínas relacionadas a calmodulina, proteínas G, domínio de ligação ARK e expressão de proteínas. Em arroz, uma das funções mais importantes estão relacionadas a expressão das proteínas quinases localizada no gene (LOC_Os04g45920, SNP S04_27195948) que, por sua vez, reconhece o estresse hídrico em arroz, representando fontes potencias a serem incorporados em novas cultivares, através da identificação desses genes em materiais como variedades tradicionais. Sendo assim podem ser de interesse de melhoramento para a cultura do arroz ou para outras culturas.
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ANOTAÇÃO DE SEQUÊNCIAS GÊNICAS DE ARROZ (Oryza sativa L.) IDENTIFICADOS NO GENOMA DA ESPÉCIE PELO BANCO DE DADOS GENÔMICOS Phytozome

  • DOI: 10.22533/at.ed.1152310105

  • Palavras-chave: genômica, banco genômico; marcadores moleculares

  • Keywords: genomics, genomic bank; molecular markers

  • Abstract: Rice (Oryza sativa L.) is the second most cultivated cereal in the world, being the food base of approximately 3 billion people, however, in the coming years, the reduction of the arable area and of biotic and abiotic factors affected the production of the crop. One of the alternatives to maintain the productive stability of the crop is the identification of genes related to traits of interest for rice improvement. This identification is carried out using biotechnological tools, such as molecular markers SNPs (Single Nucleotides Polymorphisms), which are defined as DNA markers that enable the identification of genes of interest to agriculture. Therefore, the objective of this work was to identify genes of interest in eight SNPs markers identified as polymorphic for the rice crop through in silico analysis, using the Phytozome genomic database. These genes were sensed based on their function, in addition to identifying the genomic sequence, CDS sequence (Coding DNA Sequence), peptide sequence and transcript sequence. As a result, it was possible to identify six SNPs within genes, located on six different chromosomes. Several functions were identified in the genes, such as hypothetical proteins, calmodulin related proteins, G proteins, ARK binding domain and protein expression. In rice, one of the most important functions is related to the expression of protein kinases located in the gene (LOC_Os04g45920, SNP S04_27195948) which, in turn, recognizes water stress in rice, representing sources of potency to be incorporated into new cultivars, through identification of these genes in materials such as traditional varieties. Therefore, it may be of interest to improve rice or other crops.

  • LEONARDO FRANÇA DA SILVA
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