ANÁLISIS GENÓMICO EN LA IDENTIFICACIÓN DE LA SUSCEPTIBILIDAD DE CARIES DENTAL
La caries dental (CIE 10 K02 Caries dental) es una enfermedad infecciosa oral multifactorial que provoca la destrucción de los órganos dentarios, la cual puede ser detenida en sus primeras etapas. Se han definido múltiples factores de riesgo en el proceso de aparición y desarrollo de caries, como el alto consumo en la dieta de hidratos de carbono, capacidad de amortiguamiento de la saliva, falta de higiene bucal e incluso se ha relacionado con factores genéticos y la presencia de ciertas patologías crónicas como el asma y obesidad entre otras. Reportes de la organización mundial de la salud (OMS) calculan que aproximadamente 2430 millones de personas tienen caries dental en los dientes permanentes, representando el 36% de la población mundial. En años recientes se ha reportado diversos genes que posiblemente estén relacionados con la caries dental, sin embargo, estos reportes se han dado de manera aislada y no se ha realizado un análisis genómico que muestre una correlación significativa, por ello nos propusimos realizar una investigación con un enfoque genómico para identificar un conjunto de genes potenciales relacionados, tanto de factores predisponentes, como de factores protectores. Se realizó un análisis in silico mediante algoritmos bioinformáticos basado en minería de datos automatizada en la base de datos del Centro Nacional de Información sobre Biotecnología (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) de genes candidatos implicados en el desarrollo caries dental, aquellos que codifican para proteínas que participan en la formación del esmalte dental, factores de protección presentes en la saliva y genes implicados en la respuesta inmune del huésped, así como el número de mutaciones de sentido equivocado SNP (Polimorfismo de Nucleótido Simple), se validaron mediante FunRich (http://funrich.org/) demostrando que existe una alta correlación con el fenotipo clínico de caries dental. Se identificaron 16 genes candidatos a ser marcadores de riesgo de caries. Las mutaciones pueden ser de relevancia ya que la proteína traducida de estas variantes pudiera tener cambios en su conformación, actividad y/o funcionalidad. Los cambios genéticos que se puedan encontrar en estos genes también pueden sugerir posibles interacciones dinámicas entre múltiples proteínas que nos arrojarían la variabilidad fenotípica en la historia natural de la caries dental.
AREAS TEMATICAS: Caries dental, marcadores genómicos y proteómicos, algoritmos bioinformáticos.
ANÁLISIS GENÓMICO EN LA IDENTIFICACIÓN DE LA SUSCEPTIBILIDAD DE CARIES DENTAL
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DOI: 10.22533/at.ed.4972303082
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Palavras-chave: Caries dental, marcadores genómicos y proteómicos, susceptibilidad, mutaciones, algoritmos bioinformáticos.
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Keywords: Dental caries, genomic and proteomic markers, susceptibility, mutations, bioinformatic algorithms.
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Abstract:
ABSTRACT
Dental caries (CIE 10 K02 Dental caries) is a multifactorial oral infectious disease that causes the destruction of the dental organs, which can be stopped in its early stages. Multiple risk factors have been defined in the process of appearance and development of caries, such as high consumption of carbohydrates in the diet, buffering capacity of saliva, lack of oral hygiene, and it has even been related to genetic factors and the presence of certain chronic diseases such as asthma and obesity among others. Reports from the World Health Organization (WHO) estimate that approximately 2.43 billion people have dental caries in permanent teeth, representing 36% of the world's population. In recent years, various genes have been reported that are possibly related to dental caries, however, these reports have been given in isolation and a genomic analysis has not been carried out that shows a significant correlation, for this reason we set out to carry out an investigation with a genomic approach to identify a set of potential related genes, both predisposing factors and protective factors. An in silico analysis was performed using bioinformatic algorithms based on automated data mining on the National Center for Biotechnology Information (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) database of candidate genes involved in caries development dental, those that code for proteins that participate in the formation of tooth enamel, protection factors present in saliva and genes involved in the host's immune response, as well as the number of SNP (Simple Nucleotide Polymorphism) missense mutations, were validated by FunRich (http://funrich.org/) demonstrating that there is a high correlation with the clinical phenotype of dental caries. 16 candidate genes to be caries risk markers were identified. The mutations may be relevant since the protein translated from these variants could have changes in its conformation, activity and/or functionality. The genetic changes that can be found in these genes can also suggest possible dynamic interactions between multiple proteins that would give us the phenotypic variability in the natural history of dental caries.
THEMATIC AREAS: Dental caries, genomic and proteomic markers, bioinformatics algorithms.
- Juan Carlos Santiago -Jiménez
- Ricardo Godínez-Aguilar
- Krisselby Ivonne Jiménez-Santiago
- Gabriel Ramírez-Damaso
- Fray de Landa Alvarado -Castillo
