ANÁLISE DE EPÍTOPOS DAS PROTEÍNAS NS1 e E DOS VÍRUS ZIKA, FEBRE AMARELA E DENGUE PARA PROPOSIÇÃO DE TESTE DE DIAGNÓSTICO
Identificar e selecionar epítopos adequados é um esforço demorado e caro que requer uma triagem experimental cuidadosa. Uma opção é usar a previsão computacional. Usou-se o software BV-BRC 3.26.4. Nele é possível selecionar genomas parciais e completos, ver estruturas, funções de vários vírus e bactérias que foram anotados. As sequências dos epítopos de DENV, FEBRE AMARELA e ZIKA das proteínas E e NS1 estavam em sincronização com o software IEDB. Posteriormente analisamos esses epítopos no NetMHCpan - 4. Usou-se a sequência em forma de fasta. Foram escolhidos 12 alelos pois são mais representativos para a população em geral. Após a obtenção das sequências e sua interação com MHC que tiveram ligação forte, realizou-se um modelo 3D através do software SWISS-MODEL. Não foi encontrado nenhum peptídeo capaz de se ligar fortemente a algum alelo selecionado para os epítopos NS1 dos vírus Denv (1,2,3,4), Febre Amarela e Zika. Já na proteína E dos vírus pode-se observar uma ligação forte para Febre Amarela e uma ligação forte para Zika. Os resultados obtidos são promissores mesmo que não se obteve uma sequência reconhecida para Denv, pois pode-se usar esses achados para um teste como forma de exclusão de outros flavivírus do estudo.
ANÁLISE DE EPÍTOPOS DAS PROTEÍNAS NS1 e E DOS VÍRUS ZIKA, FEBRE AMARELA E DENGUE PARA PROPOSIÇÃO DE TESTE DE DIAGNÓSTICO
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DOI: 10.22533/at.ed.97523250911
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Palavras-chave: Software, Reatividade cruzada, Epítopos.
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Keywords: Software, cross reactive, epitopes.
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Abstract:
Identifying and selecting suitable epitopes is a time-consuming and expensive effort that requires careful experimental screening. One option is to use computer prediction. used the BV-BRC software 3.26.4. It is possible to select partial and complete genomes, see structures, functions of various viruses and bacteria that have been annotated. The epitope sequences of DENV, YELLOW FEVER and ZIKA of the E and NS1 proteins were in sync with the IEDB software. Later we analyzed these epitopes in NetMHCpan - 4. We used the fasta-shaped sequence. 12 alleles were chosen because they are more representative for the general population. After obtaining the sequences and their interaction with MHC that had strong connection, a 3D model was created using the SWISS-MODEL software. Was not found no peptide capable of binding strongly to any selected allele for NS1 epitopes of Denv(1,2,3,4), Yellow Fever and Zika viruses. In the E protein of viruses, one can observe a strong link to Yellow Fever and a strong link to Zika. The results obtained are
promising even if we did not obtain a recognized sequence for Denv, because we can use these findings for testing as a means of excluding other flaviviruses from the study.
- Stefanny Paula Silva Souza
- Marcos Lázaro MOreli
