A promoção da atividade física em nível comunitário requer a criação de modelos, baseado em evidências, para orientar atividades atuais e futuras em saúde pública. O objetivo do estudo foi associar níveis de atividade física, saúde percebida e estado nutricional em um período de dois anos entre usuários e não usuários do programa Academia da Cidade (PAC) do município de Aracaju-SE, Brasil.  O presente estudo possui delineamento observacional longitudinal. A seleção da amostra foi realizada com três grupos (usuários PAC, ex-usuários do PAC e não usuários), sendo selecionados 300 adultos em cada grupo. As variáveis sociodemográficas, atividade física e percepção de saúde foram coletadas por meio de questionário. Peso e estatura foram aferidos pelos entrevistadores permitindo o cálculo do Índice de Massa Corporal (IMC). As associações foram testadas por meio de regressão logística binária adotando um nível de significância de p<0,05. Usuários do PAC apresentaram 1,4 (IC95%=8,61-22,79) e 33,9 (IC95%=18,5-61,85) maior chance de permanecerem ou se tornarem ativos, realizando atividade física moderada a vigorosa respectivamente quando comparados com os não usuários. Usuários do PAC também apresentaram maior chance de permanecerem ou melhorarem a percepção de saúde (OR=3,9 IC95%=2,51-6,01). Ainda, a chance de aumentar a classificação do estado nutricional foi menor entre os usuários do PAC (OR=0,6; IC95%=0,57-0,34). A participação no PAC por um período de dois anos foi associada a maior chance de manutenção e ou aumento nos níveis de atividade física e percepção de saúde bem como redução nas classificações de sobrepeso e obesidade.