O futebol é um dos esportes mais populares do mundo e tem como uma de suas características elevada porcentagem de lesões, sendo a maioria em membros inferiores. O objetivo deste estudo foi verificar se existe relação entre desequilíbrios musculares (flexores e extensores do joelho) e lesões musculares em atletas de futebol da categoria sub-20. Os atletas realizaram avaliação isocinética pré-temporada dos flexores e extensores do joelho, tanto em 2010 como 2011 e posteriormente foi feito o acompanhamento das lesões musculares durante as 2 temporadas. Ao todo foram feitas 100 avaliações pré-temporada, porém 34 foram excluídas por não se enquadrarem nos critérios do estudo. Participaram do estudo 53 atletas, onde 13 participaram das 2 temporadas, totalizando 66 avaliações completas. A média de idade dos participantes foi de 17,5 (± 1,2) anos, peso 74,2 (± 8,5) kg, altura 179,3 (± 7,1) cm. Houve relação entre lesão muscular na coxa e desequilíbrio da razão I/Q (não dominante) e ainda aumento na probabilidade de lesão relacionada à pico de torque flexor concêntrico dominante, pico de torque flexor concêntrico dominante à 240º/s e trabalho flexor dominante. Também houve aumento da probabilidade de lesão nos músculos extensores do joelho relacionado à razão I/Q dominante, pico de torque flexor concêntrico dominante, pico de torque flexor excêntrico não dominante e razão mista ou funcional não dominante. Os dados do presente estudo revelaram que existe relação entre lesões musculares na coxa e alterações no desempenho muscular avaliados através da dinamometria isocinética.