Este trabalho teve como foco a modelagem da predição de ocorrências de Cerrado em área de Mata Atlântica na Região Metropolitana de São Paulo (RMSP) e na cidade de Guarulhos, SP. A metodologia baseou-se na seleção de registros de ocorrência de Cerrado em bases de dados georreferenciados, mapas temáticos de camadas geoambientais, modelagem da distribuição de espécies através da ferramenta MaxEnt, investigação de campo para a confirmação da presença ou não dessas espécies nas áreas com alta probabilidade de ocorrência de Cerrado (≥ 0,7) e indicação de áreas prioritárias para a conservação. Como resultados, o modelo observou uma Característica Operativa do Receptor (ROC) igual a 0,82, revelando possuir grande capacidade para a predição de ocorrência de Cerrado em regiões Ecotonais e antrópicas. As variáveis com a maior porcentagem de contribuição no modelo (76%) foram: altimetria, amplitude térmica, temperatura média, litologia, precipitação e pedologia. Assim, calculou-se que na RMSP haja cerca de 41.183 ha de áreas potencialmente adequadas para a ocorrência de Cerrado, sendo que o município de Guarulhos representa 3.400 ha. Nessa cidade, as áreas preditas apareceram distribuídas nos setores norte e centro-oeste e sudoeste. A região do Pico Pelado merece destaque, tendo sido confirmado in situ cerca de 10 espécies típicas do Cerrado, entre elas: Dalbergia miscolobium Benth.; Byrsonima intermedia A. Juss. e Heteropterys umbellata A. Juss., tornando essa área estratégica para a conservação e preservação desse bioma cada vez mais ameaçado de extinção.