UN NUEVO ENFOQUE PARA IDENTIFICAR SARS COV-2 BASADO EN MULTIPLEX RT-PCR Y ELECTROFORESIS CAPILAR
La detección rápida de SARS-CoV-2 en pacientes es una herramienta crítica para monitorear la propagación de la enfermedad, guiar las decisiones terapéuticas y diseñar protocolos de distanciamiento social.
La prueba de RT- PCR en tiempo real para la identificación de SARS-CoV-2, utilizada como prueba “Gold Estándar” desde el inicio de la pandemia COVID 19, ha mostrado en algunos estudios, resultados falsos negativos y falsos positivos, por lo que se ha visto indispensable contar con una prueba que discrimine claramente estos resultados.
La electroforesis capilar (EC) es una herramienta de separación de biomoléculas, que puede realizarse en corto tiempo, se requiere de pequeñas cantidades de muestra y tiene una alta reproducibilidad. Estas características hacen que la EC sea un método eficiente y económico con capacidad de separar cientos de componentes de forma simultánea, razones suficientes para ser una herramienta de elección para la identificación de SARS-CoV-2.
En el estudio se describe un enfoque técnico para la identificación de SARS-CoV-2 mediante la amplificación de secuencias del genoma viral de los genes N, S, y ORF1ab por Multiplex RT-PCR, seguido de una electroforesis capilar (Multiplex RT-PCR- EC).
La validación de esta prueba ha demostrado ser un método selectivo en un 97%, específico en un 91%, sensible en un 100%, con una eficiencia del 98% y una precisión del 100%.
Esta prueba ha permitido, además, identificar resultados falsos positivos de COVID 19 diagnosticados con RT-PCR en tiempo real en un 16% de los pacientes incluidos en el estudio.
La prueba Multiplex RT-PC–EC puede ser una alternativa para facilitar el análisis cuando, por un lado, la demanda de pruebas de COVID-19 excediera la capacidad de la PCR y por otro, cuando se genere una incertidumbre en el valor de CT obtenido por RT-PCR en tiempo real.
UN NUEVO ENFOQUE PARA IDENTIFICAR SARS COV-2 BASADO EN MULTIPLEX RT-PCR Y ELECTROFORESIS CAPILAR
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DOI: 10.22533/at.ed.1592722217116
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Palavras-chave: SARS-CoV-2, Multiplex RT-PCR, Electroforesis Capilar, Validación.
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Keywords: SARS-CoV-2, Multiplex RT-PCR, Capillary Electrophoresis, Validation.
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Abstract:
Rapid detection of SARS-CoV-2 in patient, is a critical tool for monitoring the spread of the disease, guiding therapeutic decisions, and designing social distancing protocols.
The real time RT-PCR test, for the identification of SARS-CoV-2, used as a “Gold Standard” test since the beginning of the COVID 19 pandemic, has shown false negative and false positive results in some studies, so it has been essential to have a test that clearly discriminates these results.
Capillary electrophoresis (CE) is a tool for separation of biomolecules, which can be done in short time, requires small amounts of sample and has a high reproducibility. These characteristics make CE an efficient and economical method with the ability to separate hundreds of samples simultaneously, sufficient reasons to be a tool of choice for the identification of SARS-CoV-2.
The study describes a technical approach for the identification of SARS Cov-2 by amplifying viral genome sequences of the N, S, and ORF1ab genes by Multiplex RT-PCR, followed by capillary electrophoresis (Multiplex RT-PCR-EC).
The validation of this test has proven to be a selective method in 97%, specific in 91%, sensitive in 100%, with an efficiency of 98% and an accuracy of 100%.
This test has also identified false-positive COVID-19 results diagnosed with real-time RT-PCR in 16% of patients included in the study.
The multiplex RT-PCR - EC technique can be an alternative to facilitate analysis when, on the one hand, the demand for COVID-19 tests exceeds the capacity of the PCR and, on the other hand, when an uncertainty is generated in the value of CT obtained by RT-PCR in real time.
- Susana Revollo
- Yashira Cerruto
- Marcos Conde
- Miguel Cornejo
- Victor Manuel Miranda
