El género Meloidogyne es considerado de gran importancia económica en el mundo debido al daño que causa en el sistema radical y amplio rango de hospederos. En hortalizas, causa severos daños limitando la producción de estas. El objetivo del presente estudio fue identificar la especie del género Meloidogyne asociado a las agallas de la raíz del jitomate mediante la técnica molecular de PCR. Se colectó suelo y agallas de plantas de jitomate variedad comercial tipo saladette parasitadas con el nematodo, cultivadas en invernadero en el municipio de Coatepec Harinas, Estado de México. El estudio molecular se basó en la amplificación de los segmentos de expansión D2-D3 del gen 28S del rDNA mediante la Reacción en Cadena de la Polimerasa. La homología de las secuencias de este estudio y comparación con las reportadas en el GenBank mostró un 97% de identidad con Meloidogyne incógnita. El análisis filogenético indicó el agrupamiento con accesiones mundiales reportadas para M. incógnita.  La técnica molecular permitió identificar y registrar por primera vez la presencia de Meloidogyne incognita en cultivo de jitomate variedad comercial tipo saladette en Coatepec Harinas, Méx.